由于實驗室洗瓶機一次可以將大批量相同/相近規(guī)格的玻璃器皿清洗干凈，例如大型實驗室洗瓶機可以一次清洗300個或更多的培養(yǎng)皿，1000只以上的試管，或者幾十個容量瓶。考慮到實驗室的玻璃器皿有不同的結(jié)構(gòu)、尺寸和容量，如果能夠?qū)⒉Ａ髅筮M行適當?shù)姆诸悾x配合適的裝置支架，這樣才能夠zui大程度的發(fā)揮自動清洗機的強大的清洗能力。
    有些形狀復(fù)雜或者細小的器皿或零部件，使用其它的清洗方式，例如超聲波，可能效率更高、效果更好。
    如果殘留物中含有遇熱會凝固的蛋白質(zhì)，使用自動清洗機時需要特別的小心，需要在室溫下先將蛋白質(zhì)清洗干凈，然后再加熱清洗。但仍然存在蛋白質(zhì)凝固后粘附在設(shè)備內(nèi)表面或器件表面的可能性，清理起來非常麻煩。類似的情況還有非常粘附的聚合物等。在這種情況下，適當?shù)念A(yù)處理可能是必須的。于是，可以采用摩特偉浸泡前處理設(shè)備及星葉化工清洗劑進行浸泡。
    另外，受制于清洗設(shè)備和水基清洗劑適用范圍的限制，某些水基清洗劑無法濕潤滲透或溶解的難溶性殘留物，例如某些試驗需要用到強氧化性酸高溫消解樣品時殘留的復(fù)雜的難溶物，無法通過實驗室洗瓶機清洗干凈。